Considerando a origem, os enxertos de origem natural podem ser classificados como enxerto autógeno, alógeno e xenógeno. Os dois últimos frequentemente passam por um processamento a fim de torná-los mais adequados ao uso clínico.
- Autógeno - material retirado do próprio paciente em um outro sítio cirúrgico (ex.calota craniana, região mentoniana, retromandibular, crista ilíaca ou tuberosidade da maxila). Em regiões intra-orais, se pode utilizar um raspador ósseo para simplificar a coleta do osso, reduzindo o tempo de trabalho e o desconforto ao paciente no pós-operatório. O enxerto autógeno pode necessitar de fixação com auxílio de parafusos de titânio ou polímero absorvível. Esse tipo de enxerto evita a infecção cruzada.
- Alógeno - o material tem origem em um outro indivíduo da mesma espécie (ex. banco de ossos).
- Xenoenxerto - o material tem origem em um outro indivíduo de espécie diferente do receptor (ex. osso bovino).